Alhliða merki

Alhliða raðgreining TELL-Seq bókasafn

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library-vara

Tæknilýsing

  • Vöruheiti: TELL-SeqTM bókasafnsröðunarsett
  • Framleiðandi: Universal Sequencing Technology Corporation
  • Samhæfni: Öll Illumina raðkerfi nema iSeq 100
  • Fyrirhuguð notkun: Aðeins til rannsóknarnotkunar, ekki til greiningaraðgerða
  • Breytingarsaga: Útgáfa 7.0, ágúst 2024

Notkunarleiðbeiningar fyrir vöru:

Inngangur
TELL-SeqTM bókasafn krefst sérsniðinna raðgreiningar grunna fyrir hvaða Illumina raðgreiningarkerfi sem er og inniheldur 18 basa vísitölu 1 röð sem notuð er sem sameinda strikamerki fyrir tengda lestur, sem verður að raðgreina að fullu.

Innihald setts

Heiti hluta Litur á loki Einbeiting Rúmmál (µL)
Lestu 1 grunnur CAP Svartur 100M 50
Lestu 2 grunnur HÚTA Hvítt 100M 50
Index 1 Grunnur HÚTA Rauður 100M 50
Index 2 Grunnur HÚTA Gulur 100M 50

TELL-SeqTM bókasafnsuppbygging og raðgreiningarkerfi

  • Index 1 (I7 index) inniheldur 18-basa TELL Bead raðir sem verður að raða algjörlega.
  • Vísitala 2 (I5 vísitala) inniheldur sample index primer raðir notaðar í bókasafni amplification.
  • Pöruð endaröð er æskileg með lágmarks kröfu um lestur 2×96 og hámarks kröfu um lestur 2×150.
  • Hægt er að sameina bókasöfn til raðgreiningar þegar mismunandi multiplex grunnur eru notaðir í safninu amplification þrep.

Sérsniðin raðar grunnur
Sérsniðnar raðgreiningar grunnar eru nauðsynlegar til að raða TELL-SeqTM söfnum og eru þeir í TELL-SeqTM Illumina Sequencing Primer Kit.

Custom Index 2 grunnur
Sérsniðinn Index 2 grunnur er nauðsynlegur þegar mörg TELL-SeqTM söfn með mismunandi multiplex grunnur eru sameinuð til raðgreiningar og þegar raðgreiningarmaður krefst i5 vísitölu raðgreiningar grunnur. Eins og er, aðeins fyrir MiSeq, er sérsniðinn Index 2 grunnur ekki nauðsynlegur.

Algengar spurningar (algengar spurningar)

  • Sp.: Er hægt að nota TELL-SeqTM settið fyrir greiningaraðgerðir?
    A: Nei, TELL-SeqTM settið er eingöngu ætlað til rannsókna og ætti ekki að nota til greiningaraðgerða.
  • Sp.: Hver er lágmarks- og hámarksleslengd krafan fyrir pöruð endaröðun?
    A: Lágmarkskrafa leslengdar er 2×96 og hámarkskrafa leslengdar er 2×150 fyrir pöruð lokaröð.

TELL-Seq™ bókasafnsröð notendahandbók
Fyrir öll Illumina@ raðkerfi nema iSeq 100

Aðeins til rannsóknar. Ekki til notkunar við greiningaraðgerðir.
Skjal # 100018 v7.0
ágúst 2024

Þetta skjal er í eigu Universal Sequencing Technology Corporation og er eingöngu ætlað til notkunar viðskiptavina sinna í tengslum við notkun á vörum sem lýst er hér og ekki í öðrum tilgangi.
Leiðbeiningunum í þessu skjali verður að fylgja nákvæmlega af rétt þjálfuðu starfsfólki til að tryggja rétta og örugga notkun TELL-Seq™ settsins.
ALÞJÓÐARRÖÐUNARTÆKNI GERIR EKKI ÁBYRGÐ SEM KOMIÐ EFTIR RANGA NOTKUN Á TELL-SEQ™ KITinu.
©2022 Universal Sequencing Technology Corporation. Allur réttur áskilinn.
TELL-Seq™ er vörumerki Universal Sequencing Technology Corporation. Öll önnur nöfn, lógó og önnur vörumerki eru eign viðkomandi eigenda.

Endurskoðunarsaga

Skjal # Útgáfa DCR tilvísun og athugasemd
C01K002 Rev. A janúar 2020 Upphafleg útgáfa
C01K002 Rev. B mars 2020 Bæta við viðauka
100018-USG 3.0 Bættu við leiðbeiningum fyrir NovaSeq v1.5 hvarfefni
100018-USG 4.0 Bættu við nákvæmum leiðbeiningum fyrir nýjustu NovaSeq

hvarfefni

100018-USG 5.0 Bættu við leiðbeiningum fyrir NextSeq 1000/2000 kerfið
100018-USG 6.0 Bættu við 96 Multiplex primers (C-röð) upplýsingum
100018-USG 7.0 Bættu við 384 Multiplex primers (C,D,E,F-röð)

upplýsingar. Uppfærðu upplýsingar um Index 2 Primer

Inngangur

Þessi samskiptaregla útskýrir hvernig á að keyra öll verðtryggð pöruð TELL-Seq™ bókasöfn á Illumina® raðgreiningarkerfi.
TELL-Seq™ bókasafn† krefst sérsniðinna raðgreiningar grunna fyrir hvaða Illumina raðgreiningarkerfi sem er og inniheldur 18 basa vísitölu 1 röð sem notuð er sem sameinda strikamerki fyrir tengda lestur, sem verður að raða að fullu.

Innihald setts
TELL-Seq™ Illumina® Sequencing Primer Kit (PN 100004)

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (1)

TELL-Seq™ Illumina® Sequencing Primer Kit, HT (PN 100013)

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (2)

 TELL-Seq™ bókasafnsuppbygging og raðgreiningarkerfi

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (3)

Vísitala 1 (þ.e. I7 vísitala) inniheldur 18-basa TELL Bead raðir, sem VERÐUR að raða algjörlega. Vísitala 2 (þ.e. I5 vísitala) inniheldur 8-basa (T-röð) eða 10-basa (C-röð) sample index primer raðir notaðar í bókasafni amplification. Pöruð endaröð er æskileg. Lágmarks krafa um leslengd er 2×96; Hámarks krafa um leslengd er 2×150.

ExampLe of Illumina® Sequencing % Base by Cycle Chart

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (4)

 Illumina® röðunarleiðbeiningar

  1. Þynntu TELL-Seq™ safnið í samræmi við sérstaka styrkleika og rúmmál Illumina® raðgreiningarpallsins.
  2. Hægt er að sameina bókasöfn til raðgreiningar þegar mismunandi multiplex grunnur eru notaðir í safninu amplification þrep.
  3. Sérsniðnar raðgreiningar grunnar eru nauðsynlegar til að raða TELL-Seq™ söfnum og fylgja með TELL-Seq™ Illumina Sequencing Primer Kit.
  4. Hægt er að hlaða þessum sérsniðnu raðgreiningargrunnum í tilgreinda brunna fyrir sérsniðna grunna. Að öðrum kosti er einnig hægt að hlaða þeim í samsvarandi staðlaða Illumina® raðgreiningargrunnhola þegar Illumina® PhiX stýrisafn er spikað í raðgreiningarkeyrslu.
  5. Sérsniðinn Index 2 grunnur er aðeins nauðsynlegur þegar mörg TELL-Seq™ söfn með mismunandi multiplex grunnur eru sameinuð til raðgreiningar og þegar raðgreiningarmaður krefst i5 vísitölu raðgreiningar grunnur. Sem stendur er aðeins fyrir MiSeq, sérsniðinn Index 2 Primer er ekki krafist. Einnig fyrir óstudd kerfi eins og HiSeq 2000/2500 og NovaSeq v1 hvarfefni, er sérsniðinn Index 2 grunnur ekki nauðsynlegur.
  6. Hægt er að framkvæma lágmarksfjölda raðgreiningarkeyrslna með því að nota það magn af raðgreiningarprimerum sem eru breytilegir eftir raðgreiningarkerfinu.
Röðunarkerfi Er þörf á sérsniðnum Index 2 Primer?
NovaSeq X/X Plus
NovaSeq 6000
HiSeq 3000/4000
NextSeq
MiSeq Nei
MiniSeq

Example SampLe Sheet fyrir MiSeq System
Hér að neðan er fyrrverandiampsampblað fyrir 2×146 PE keyrslu með 18 lotu vísitölu 1 (þ.e. I7 vísitölu) og 8-lota eða 10 grunna (C-röð) vísitölu 2 (þ.e. I5 vísitölu) raðgreiningu með því að nota sérsniðna raðgreiningargrunn fyrir Read 1 , Index 1 og Read 2 sem verður hlaðið inn í sérsniðna raðgreiningargrunnhola. Þar sem MiSeq notar P5 grunnur á flæðisfrumuyfirborði sem raðgreiningar grunnur fyrir Index 2 lestur, er TELL-Seq™ sérsniðinn Index 2 grunnur ekki nauðsynlegur fyrir MiSeq kerfi. Afmultiplexing allra sameinaðra bókasöfna mun byggjast á sample index (þ.e. vísitala 2). Það verður unnið með TELL-lesa greiningarleiðslu sérstaklega eftir að raðgreiningu lýkur.

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (5)

Illumina® Sequencing Lestrarlengd ráðlegging

  1. Mælt er með pöruðum endaröðum.
  2. TELL-Seq™ bókasafn Index 1 er 18-basar, Index 2 er 8-basar (T-röð) eða 10-basar (C-röð). Það eru alls 26-basar (T-röð) eða 28-basar (C-röð) fyrir báðar vísitölurnar samanborið við heildar 16-basa fyrir staðlaða Illumina tvöfalda vísitölu.
  3. Auka 10 lotuna sem þarf til að raða TELL-Seq™ bókasafnsvísitölunni þarf að draga frá lestri 1 og lesa 2 raðlotur jafnt. Þar sem Illumina raðgreiningarhvarfefni tryggir 2 auka lotur, þarf að draga frá 4 lotur fyrir lestur 1 og 4 lotur fyrir lestur 2.
  4. Ráðlagður raðlengd er 2 × 96 PE til 2 × 146 PE fyrir tvöfalda vísitöluhlaup; 2×100 PE til 2×150 PE fyrir eina samphlaupið án þess að þurfa að lesa vísitölu 2.

Íhugun á dýpt raðgreiningar

  1. Fullnægjandi raðdýpt er nauðsynleg til að fá nægilega TELL Bead þekju. Því meira TELL perlur notaðar á bókasafni amptil að búa til TELL-Seq™ bókasafn, því fleiri raðlestrar þarf að lesa til að fá æskilega raðardýpt. Hins vegar, því færri TELL Perlur sem notaðar eru fyrir bókasafn amplification, því lægri sem bókasafnsflækjustigið verður, sem getur leitt til hærra fjölföldunartíðni raðgreiningarlestra. Jafnvægið milli TELL perlur sem notaðar eru og TELL-Seq™ bókasafnsins sem krafist er getur verið háð stærð erfðamengisins og notkun.
  2. Fyrir de novo samsetningu umsókn, að minnsta kosti 60x erfðamengi þekju af sampAlmennt er mælt með le. Hins vegar getur lægri raðgreining einnig verið nóg eftir því hversu mikið TELL perlur eru notaðar fyrir bókasafn amplification og flókið TELL-Seq™ bókasafn.
  3. Fyrir mannlega fasaskiptingu, að minnsta kosti 500 milljón þyrpingar á sekúnduampMælt er með le sem er ~40x dýpt.
  4. Fyrir markvissa raðgreiningu er mælt með að lágmarki 100x þekju.

Library Multiplex Primer Index Sequences (þ.e. Index 2 Read): T-röð (8-basa)

Bókasafn Multiplex

Grunnur (T-röð)

Fyrir Sample Sheet MiSeq Fyrir Sample Sheet NovaSeq,

NovaSeq X, NextSeq, MiniSeq

T501 TGAACCTT AAGGTTCA
T502 TGCTAAGT LÖGÐTAGCA
T503 TGTTCTCT AGAGAACA
T504 TAAGACAC GTGTCTTA
T505 CTAATCGA TCGATTAG
T506 CTAGAACA TGTTCTAG
T507 TAAGTTCC GGAACTTA
T508 TAGACCTA TAGGTCTA
T509 CATCCGAA TTCGGATG
T510 TTATGAGT ACTCATAA
T511 AGAGGCGC GCGCCCTCT
T512 TAGCCGCG CGCGGCTA
T513 ACGAATAA TTATTCGT
T514 TTCGTAGG CCTACGAA
T515 GATCTGCT AGCAGATC
T516 CGCTCCGC GCGGAGCG
T517 AGGCTATA TATAGCCT
T518 GCCCTAT ATAGAGGC
T519 AGGATAGG CCTATCCT
T520 TCAGAGCC GGCTCTGA
T521 CTTCGCCT AGGCGAAG
T522 TAAGATTA TAATCTTA
T523 AGTAAGTA TACTTACT
T524 GACTTCCT AGGAAGTC

Library Multiplex Primer Index Sequences (þ.e. Index 2 Read): C,D,E,F-röð (10-basa)

Library Multiplex Primer (C-röð) Fyrir Sample Sheet MiSeq Fyrir Sample Sheet NovaSeq, NovaSeq X, NextSeq, MiniSeq
C501 ACGTACGTAC GTACGTACGT
C502 CATGCATGCA TGCATGCATG
C503 GTACGTACGT ACGTACGTAC
C504 TGCATGCATG CATGCATGCA
C505 ATGCTGATCA TGATCAGCAT
C506 CACAGCTGTG CACAGCTGTG
C507 GCTGATCAGC GCTGATCAGC
C508 TGATCAGCAT ATGCTGATCA
C509 ATTCAATACT AGTATTGAAT
C510 CTAGCGCTAG CTAGCGCTAG
C511 GCTAGTAGTA TACTACTAGC
C512 TCCAATCAAG CTTGATTGGA
C513 AATATTGCTG CAGCAATATT
C514 CGTCGTTACG CGTAACGACG
C515 GATTGATTCC GGAATCAATC
C516 TCTAACAATG CATTGTTAGA
C517 AGAATTGTCA TGACAATTCT
C518 CTCAGCAATT AATTGCTGAG
C519 GGTCCTTGTC GACAAGGACC
C520 AGGCCTGACA TGTCAGGCCT
C521 CTCCTAGTGG CCACTAGGAG
C522 GGTTACAGCT AGCTGTAACC
C523 CTGATTGGCG CGCCAATCAG
C524 ATTGGTTAGA TCTAACCAAT
C525 CCATTCAACT AGTTGAATGG
C526 CAGTATTGAC GTCAATACTG
C527 GAGTCCTCAA TTGAGGACTC
C528 AGCTACTACT AGTAGTAGCT
C529 TAGCTAGCGC GCGCTAGCTA
C530 GATGCAACAC GTGTTGCATC
C531 CCTCAGTACA TGTACTGAGG
C532 CGGTAATTCA TGAATTACCG
C533 CGCAATGGCT AGCCATTGCG
C534 GTACGTTGAA TTCAACGTAC
C535 TTGATCAGTA TACTGATCAA
C536 GGCCTAACAA TTGTTAGGCC
C537 GTTGTTGGAA TTCCAACAAC
C538 TACGTTGGAC GTCCAACGTA
C539 ACACCATGCA TGCATGGTGT
C540 GCAATAGTAC GTACTATTGC
C541 ACGCAGCCAG CTGGCTGCGT
C542 CGAGTTGACG CGTCAACTCG
C543 CGTGGCTGAA TTCAGCCACG
C544 TTCCAAGGAC GTCCTTGAGA
C545 CCTAGGCACT AGTGCCTAGG
C546 CTGCGGTAAT ATTACCGCAG
C547 GGCACTACCA TGGTAGTGCC
C548 GCTCAATCAA TTGATTGAGC
C549 AGGCACACAC GTGTGTGCCT
C550 CCTGGCAAGA TCTTGCCAGG
C551 TAATTGGTAG CTACCAATTA
C552 GCCAACAAGT ACTTGTTGGC
C553 ATGGCTTATA TATAAGCCAT
C554 GCATGGCCTT AAGGCCATGC
C555 ACAATACTGG CCAGTATTGT
C556 GGATTGGACT AGTCCAATCC
C557 ACTGTACTAT ATAGTACAGT
C558 CAGCTGTGAG CTCACAGCTG
C559 CTTGAGGACC GGTCCTCAAG
C560 GGTACAATAG CTATTGTACC
C561 CTGACTACTA TAGTAGTCAG
C562 TCAACCATGG CCATGGTTGA
C563 ATTATAACCG CGGTTATAAT
C564 ACTAGTCCTT AAGGACTAGT
C565 ACTTGGACGT ACGTCCAAGT
C566 ATGGTTAGGA TCCTAACCAT
C567 ATGGTACCAA TTGGTACCAT
C568 GAATTGACTC GAGTCAATTC
C569 AGCAACCAGG CCTGGTTGCT
C570 TACTGTGCTG CAGCACAGTA
C571 CAACAACGTC GACGTTGTTG
C572 CAGTAGCGCT AGCGCTACTG
C573 ATTACCAATC GATTGGTAAT
C574 TAAGGACCGC GCGGTCCTTA
C575 ACACGTACCG CGGTACGTGT
C576 CAACGTTGTT AACAACGTTG
C577 ATTGTGCTGA TCAGCACAAT
C578 GTACCAACAG CTGTTGGTAC
C579 TTGTCAAGGA TCCTTGACAA
C580 CTTGTACGTA TACGTACAAG
C581 TGCCTTGTAA TTACAAGGCA
C582 TAGTAGCTTA TAGCTACTA
C583 GACCGCAATG CATTGCGGTC
C584 CTACTAGCTT AAGCTAGTAG
C585 AGCACACGTT AACGTGTGCT
C586 TGTTATAAGC GCTTATAACA
C587 GTTGCCAAGT ACTTGGCAAC
C588 CTGGCAACCG CGGTTGCCAG
C589 TTAGGCCTTA TAAGGCCTAA
C590 CGCAGCACAG CTGTGCTGCG
C591 CTAGGCACAA TTGGCCTAG
C592 TGTTGTACAG CTGTACAACA
C593 CTAACGTGGC GCCACGTTAG
C594 GCGTACTGGT ACCAGTACGC
C595 GGCCTGAATT AATTCAGGCC
C596 CATGCTCGAG CTCGAGCATG
Library Multiplex Primer (D-röð) Fyrir Sample Sheet MiSeq Fyrir Sample Sheet NovaSeq, NovaSeq X, NextSeq, MiniSeq
D501 AGCACTGTAA TTACAGTGCT
D502 CCGAAGTACT AGTACTTCGG
D503 GTTACAAGTA TACTTGTAAC
D504 TGATTGCGTG CACGCAATCA
D505 ATCTTAGGCA TGCCTAAGAT
D506 CACGCAAGTT AACTTGCGTG
D507 GAGCTTAGGA TCCTAAGCTC
D508 TATTGCTCGA TCGAGCAATA
D509 AACATCTGAG CTCAGATGTT
D510 CAACTCAGCA TGCTGAGTTG
D511 GAACTATATG CATATAGTTC
D512 TAATAGTCTA TAGACTATTA
D513 AAGATTGACG CGTCAATCTT
D514 CACGTAGCCG CGGCTACGTG
D515 GACTCGATCA TGATCGAGTC
D516 TAATCCTCGC GCGAGGATTA
D517 AAGCTCCTGG CCAGGAGCTT
D518 CAGATTGTTG CAACAATCTG
D519 GATGCTATTC GAATAGCATC
D520 TAATCCTCGC GCGAGGATTA
D521 AAGTATACCT AGGTATACTT
D522 CAGTAGCCAA TTGGCTACTG
D523 GCAAGGACTC GAGTCCTTGC
D524 TACTACTGTA TACAGTAGTA
D525 AATCCTAGCT AGCTAGGATT
D526 CATTGGCAAG CTTGCCAATG
D527 GCCTGAGAAT ATTCTCAGGC
D528 TACTAGCAAG CTTGCTAGTA
D529 ACAGCTAGTC GACTAGCTGT
D530 CCAACCAGTA TACTGGTTGG
D531 GCGCTCAATT AATTGAGCGC
D532 TAGCGCGGAC GTCCGCGCTA
D533 ACCTATAGTT AACTATAGGT
D534 CCACGTCAGG CCTGACGTGG
D535 GCTACGCAAT ATTGCGTAGC
D536 TAGTTGCTGC GCAGCAACTA
D537 ACGGTACAAC GTTGTACCGT
D538 CCGAACTTCG CGAAGTTCGG
D539 GCTCCTAATT AATTAGGAGC
D540 TATCCTCGAT ATCGAGGATA
D541 ACTCGATTCT AGAATCGAGT
D542 CCTGGTAATT AATTACCAGG
D543 TCGTAGTTGG CCAACTAAGC
D544 TCAGCAAGGA TCCTTGCTGA
D545 ACTGGTAGCA TGCTACCAGT
D546 CGATCAACCT AGGTTGATCG
D547 GGAAGTAGCA TGCTACTTCC
D548 TCAGCTGCGG CCGCAGCTGA
D549 ACTGGTAGCA TGCTACCAGT
D550 CGATCAACCT AGGTTGATCG
D551 GGCAAGATGA TCATCTTGCC
D552 TCCGCCAATG CATTGGCGGA
D553 AGAATCTTAT ATAAGATTCT
D554 CGCTAGCAAC GTTGCTAGCG
D555 GGCCTTATAT ATATAAGGCC
D556 TCGAATACTA TAGTATTCGA
D557 AGCAATGGTA TACCATTGCT
D558 CGGTCTGATC GATCAGACCG
D559 GGTCCGCCAT ATGGCGGACC
D560 TCGAATACTA TAGTATTCGA
D561 AGCACTGTAA TTACAGTGCT
D562 CGTACTACCG CGGTAGTACG
D563 GGTTCATCGG CCGATGAACC
D564 TCGGAGCTGC GCAGCTCCGA
D565 AGGACGTTAG CTAACGTCCT
D566 CGTTGACAAT ATTGTCAACG
D567 GTACTGACAC GTGTCAGTAC
D568 TCTAAGATAG CTATCTTAGA
D569 AGTGCTCAAC GTTAGCACT
D570 CTAAGAACCT AGGTTCTTAG
D571 GTATAATTAC GTAATTATAC
D572 TGATTGCGTG CACGCAATCA
D573 ATATTCGACG CGTCGAATAT
D574 CTATAACGAC GTCGTTATAG
D575 GTCGTTAGGT ACCTAACGAC
D576 TGCCACTGAT ATCAGTGGCA
D577 ATCGGCTAAG CTTAGCCGAT
D578 CTCAAGTGC GCAACTTGAG
D579 GTGTGTTCGA TCGAACACAC
D580 TGCTATAGTC GACTATAGCA
D581 ATGAGCTATT AATAGCTCAT
D582 CTCACAACGA TCGTTGTGAG
D583 TGCTCGATTG CAATCGAGCA
D584 ATGTTGGACT AGTCCAACAT
D585 CTGATGTTAG CTAACATCAG
D586 TGGTAACCAG CTGGTTACCA
D587 ATTCGAAGTA TACTTCGAAT
D588 CTTAGCTCCT AGGAGCTAAG
D589 TGTAATCGAT ATCGATTACA
D590 CTTGGACTTC GAAGTCCAAG
D591 TGTACTTGAA TTCAAGTACA
D592 TTAGCTCAG CTGAGCTTAA
D593 TTACAACCAG CTGGTTGTAA
D594 TTCTCAGCCA TGGCTGAGAA
D595 TTGCATGGCT AGCCATGCAA
D596 TTGGCGGTAC GTACCGCCAA
Library Multiplex Primer (E-röð) Fyrir Sample Sheet MiSeq Fyrir Sample Sheet NovaSeq, NovaSeq X, NextSeq, MiniSeq
E501 AGCCACGGTC GACCGTGGCT
E502 CCGCCTGAGT ACTCAGGCGG
E503 GTTATATACC GGTATATAAC
E504 CTTCCTGGCA TGCCAGGAAG
E505 ATCGAATTGC GCAATTCGAT
E506 CACGTGTTGT ACAACACGTG
E507 GAGCTGTGTT AACACAGCTC
E508 TATTACAGAT ATCTGTAATA
E509 AACAATGGCG CGCCATTGTT
E510 CAACTCGCTA TAGCGAGTTG
E511 GAATTGCTCA TGAGCAATTC
E512 GTGTGTTCGA TCGAACACAC
E513 CGATTCGAGC GCTCGAATCG
E514 GTCAACGTTA TAACGTTGAC
E515 GACAATCCTA TAGGATTGTC
E516 TAATCAGACT AGTCTGATTA
E517 AAGCTTATAT ATATAAGCTT
E518 CATATTGTAA TTACAATATG
E519 GATAGGACTT AAGTCCTATC
E520 ATGCTAGGTT AACCTAGKÖTTUR
E521 GCAAGATTAG CTAATCTTGC
E522 CAGCTGTATA TATACAGCTG
E523 GCAAGTCTAA TTAGACTTGC
E524 TACTAGCAAG CTTGCTAGTA
E525 AATACTGTTA TAACAGTATT
E526 CATATCTGAC GTCAGATATG
E527 GCCACTAAGG CCTTAGTGGC
E528 CTGGCAATTC GAATTGCCAG
E529 ACAATAGGCG CGCCTATTGT
E530 CCATGCTAAG CTTAGCATGG
E531 GCGAGCGATC GATCGCTCGC
E532 TAGGTAGTTC GAACTACCTA
E533 ACCTTGGACC GGTCCAAGGT
E534 TGACTAATAC GTATTAGTCA
E535 GCTATATCTG CAGATATAGC
E536 TCTAGTTCAG CTGAACTAGA
E537 ACGGTTGAGA TCTCAACCGT
E538 CTGATTCCGG CCGGAATCAG
E539 TGGTAACCAG CTGGTTACCA
E540 GACTCAGACA TGTCTGAGTC
E541 TTAGCCAATA TATTGGCTAA
E542 CCTTAAGGCG CGCCTTAAGG
E543 CGTAGCAATC GATTGCTACG
E544 CATGGCTAAT ATTAGCCATG
E545 ACTCGACAAT ATTGTCGAGT
E546 CGAGTCTAGG CCTAGACTCG
E547 GGACTCAGCT AGCTGAGTCC
E548 TCAGCAAGGA TCCTTGCTGA
E549 CGATTCCTTA TAAGGAATCG
E550 ATTAGGCAAT ATTGCCTAAT
E551 TTGTCGAAGG CCTTCGACAA
E552 TCCAAGTAGC GCTACTTGGA
E553 AGATAGTCCG CGGACTATCT
E554 CGCTAACATA TATGTTAGCG
E555 GGCTAATTGT ACAATTAGCC
E556 AGGTACGTCA TGACGTACCT
E557 TTCCAAGTTC GAACTTGGAA
E558 CGGAGCTCCG CGGAGCTCCG
E559 GGACTAATA TATTAGTACC
E560 TCGAAGGCAA TTGCCTTCGA
E561 CTCCTTGATG CATCAAGGAG
E562 GCAATTCCGG CCGGAATTGC
E563 ACTACGCAGC GCTGCGTAGT
E564 AGGAATGGCC GGCCATTCCT
E565 AGGTTAGKÖTTUR ATGCTAACCT
E566 CGTCCTAGAC GTCTAGGACG
E567 GCGTGGCAAT ATTGCCACGC
E568 TCTGATCGAC GTCGATCAGA
E569 AGTTGTCAGG CCTGACAACT
E570 CTACGCCAAT ATTGGCGTAG
E571 GTAGTTGCGT ACGCAACTAC
E572 TGAGCGCTAT ATAGCGCTCA
E573 ATACCTTAGT ACTAAGGTAT
E574 GCACACCATT AATGGTGTGC
E575 GTCTAAGGAG CTCCTTAGAC
E576 CATTCCGCGG CCGCGGAATG
E577 GCGTACCTAG CTAGGTACGC
E578 CTCAATAGCA TGCTATTGAG
E579 GTGCTAAGCC GGCTTAGCAC
E580 TGCCACTATC GATAGTGGCA
E581 GCTGTTTGAAT ATTCAACAGC
E582 CGGCTAATCC GGATTAGCCG
E583 AACTACCGCA TGCGGTAGTT
E584 ATGCATCAAG CTTGATGCAT
E585 CTGACTTGCA TGCAAGTCAG
E586 TGGTACCTAT ATAGGTACCA
E587 ATTAGCTAAC GTTAGCTAAT
E588 TGGTACCTAT ATAGGTACCA
E589 TGTTGCTACC GGTAGCAACA
E590 CTTATATAAG CTTATATAAG
E591 TCAAGTCTGT ACAGACTTGA
E592 TGAGCGCTAT ATAGCGCTCA
E593 TTAGGCGTAC GTACCCTAA
E594 TTCTCATCAG CTGATGAGAA
E595 CTAGGTATTG CAATACCTAG
E596 TTGCTGACTA TAGTCAGCAA
Library Multiplex Primer (F-röð) Fyrir Sample Sheet MiSeq Fyrir Sample Sheet NovaSeq, NovaSeq X, Next Seq, MiniSeq
F501 AGCCAGTAGC GCTACTGGCT
F502 CCGATGAGTT AACTCATCGG
F503 GTTCAACTTC GAAGTTGAAC
F504 TTAGCATCA TGATGCTCAA
F505 ATCAACAGTG CACTGTTGAT
F506 CACACGGTAG CTACCGTGTG
F507 GAGGATTGCT AGCAATCCTC
F508 TATCTTGGCC GGCCAAGATA
F509 AACTAGTGGC GCCACTAGTT
F510 CAATCCTGGT ACCAGGATTG
F511 GAAGGTTACG CGTAACCTTC
F512 CTAAGAACCT AGGTTCTTAG
F513 CACACGGTAG CTACCGTGTG
F514 AATTAGTCTG CAGACTAATT
F515 GACCGTGTTA TAACACGGTC
F516 TAATTCGAGG CCTCGAATTA
F517 AAGATTGACG CGTCAATCTT
F518 CAACTCGCTA TAGCGAGTTG
F519 GATTCGAACT AGTTCGAATC
F520 GCCTTGAGT AACTCAAGGC
F521 CACAGATTAG CTAATCTGTG
F522 CAGCTAGGCC GGCCTAGCTG
F523 GCAAGGTATA TATACCTTGC
F524 TACCTAGGTA TACCTAGGTA
F525 AATCCTTGAA TTCAAGGATT
F526 CATCGAACCT AGGTTCGATG
F527 GCCTGCGTAA TTACGCAGGC
F528 CATCGAACCT AGGTTCGATG
F529 ACAGTGCCAT ATGGCACTGT
F530 CCAACTATTG FlugmálastjórnTAGTTGG
F531 GCGTACCGCA TGCGGTACGC
F532 TAGGAGCGAT ATCGCTCCTA
F533 ACCAATTGGT ACCAATTGGT
F534 AATACTGTTA TAACAGTATT
F535 GCTGTTTGAAT ATTCAACAGC
F536 TTACAACCAG CTGGTTGTAA
F537 ACGTCAAGTC GACTTGACGT
F538 CAATTCAATG CATTGAATTG
F539 TGAATTCAGC GCTGAATTCA
F540 ACGTACAGCT AGCTGTACGT
F541 TGACTACCAT ATGGTAGTCA
F542 CCTGGTGTGA TCACACCAGG
F543 GACTAATCGC GCGATTAGTC
F544 ACGTTAGTGC GCACTAACGT
F545 ACTCGATTCT AGAATCGAGT
F546 CGACAAGATT AATCTTGTCG
F547 GGAATTGGCT AGCCAATTCC
F548 TCACAGCCGA TCGGCTGTGA
F549 CTGTACTGTA TACAGTACAG
F550 TCGCTCGAGG CCTCAGCGA
F551 ACCTTAGFlugmálastjórn TTGCTAAGGT
F552 TCCGGACTAC GTAGTCCGGA
F553 AGAACTTGCA TGCAAGTTCT
F554 CGCAGGACTT AAGTCCTGCG
F555 GGCAAGATGA TCATCTTGCC
F556 GCCTAGCGCG CGCGCTAGGC
F557 GACATCGCTA TAGCGATGTC
F558 CGGCTAATCC GGATTAGCCG
F559 GGTTAGCTT AAGCTCAACC
F560 TCGCTCAGGC GCCTGAGCGA
F561 GCTGATTATA TATAATCAGC
F562 GCGCTAGTCC GGACTAGCGC
F563 TATGTCTGAA TTCAGACATA
F564 AAGCTTATAT ATATAAGCTT
F565 AGGAATGGCC GGCCATTCCT
F566 CGTAGCGCGC GCGCGCTACG
F567 GCCTGCGTAA TTACGCAGGC
F568 TCTTAGCGAT ATCGCTAAGA
F569 AGTTCTAAGA TCTTAGAACT
F570 CTAGGTATTG CAATACCTAG
F571 GTAGTACTAC GTAGTACTAC
F572 TGACAAGTAG CTACTTGTCA
F573 ATAGTCTGAG CTCAGACTAT
F574 CTGTGTTACA TGTAACACAG
F575 GTCTAGCCAC GTGGCTAGAC
F576 AATCAAGGTT AACCTTGATT
F577 CATAATTATG CATAATTATG
F578 CTCGAGCTAT ATAGCTCGAG
F579 GTGCCTGATG CATCAGGCAC
F580 TGCTCGATTG CAATCGAGCA
F581 GATTCGAACT AGTTCGAATC
F582 TCGTTGAGGA TCCTCAACGA
F583 AGCCAGGCGT ACCGCTGGCT
F584 ATGTCAGATT AATCTGACAT
F585 CTGTATATAC GTATATACAG
F586 TGGTGTCAAC GTTGACACCA
F587 ATTGCATGCT AGCATGCAAT
F588 AGTATTCATA TATGAATACT
F589 TGTAATTCCG CGGAATTACA
F590 CTTCCTGGCA TGCCAGGAAG
F591 TCCGCGCGGA TCCGCGCGGA
F592 CACTGTTCGG CCGAACAGTG
F593 TTAGCCAATA TATTGGCTAA
F594 TTCGAGCTGA TCAGCTCGAA
F595 GTACCGCGCG CGCGCGGTAC
F596 TTAGCATCA TGATGCTCAA

Viðauki

Setjið TELL-Seq™ sérsniðna grunna í Illumina® raðgreiningargrunna
TELL-Seq™ bókasöfn krefjast sérsniðinna raðgreiningar grunna fyrir Illumina raðgreiningarpalla. Nauðsynlegt er að sprauta (eða sameina) sérsniðna TELL-Seq™ Illumina raðgreiningargrunna í staðlaða Illumina raðgreiningargrunna þegar PhiX stýrisafn eða önnur stöðluð Illumina söfn eru tekin með TELL-Seq™ söfnum í raðgreiningarkeyrslu.

Athugið: TELL-Seq™ Index 1 lesið hefur 18 grunna og þarf 18 lota raðgreiningu; Index 2 read hefur 8-basa fyrir T-röð primer og 10-basa fyrir C-röð primer.

Aðferð við að setja sérsniðna grunna í Illumina grunna

  • Staða skothylkisins, heildarmagn og endanlegur styrkur sérsniðinna grunna fyrir hvern pall er að finna í töflunum hér að neðan.
  • Reiknaðu út rúmmál sérsniðna grunnsins sem á að bæta við Illumina grunnhylkisstöðu miðað við lokastyrk sérsniðna grunnsins í rörlykjunni.*
  • Eftir að sérsniðinn grunnur hefur verið fylltur í, stilltu pípettuna að helmingi heildarrúmmálsins og pípettu varlega upp og niður fimm sinnum til að blanda vandlega.
  • Fyrir MiSeq, MiniSeq, NextSeq og NovaSeq palla, ekki haka við stöðu „custom primer“ kassans í sample blaði eða meðan á hlaupauppsetningu stendur.

* Til að reikna út hversu mikið af sérsniðnum grunni á að spýta í brunninn, notaðu (C1)*(V1) = (C2)*(V2) jöfnuna þar sem:

  • C1 = 100μM (þegar 100μM grunnefnisstofn með háum styrk er notaður er lítið viðbótarrúmmál endanlegt rúmmál hverfandi).
  • V1 = leysa fyrir rúmmál sérsniðna grunnsins sem á að spýta í
  • C2 = ráðlagður lokastyrkur sérsniðinn grunnur úr töflunni fyrir neðan V2 = heildarrúmmál Illumina grunns í töflunum hér að neðan

Example fyrir MiSeq vettvang

100μM * V1 = 0.5μM * 680μL V1 = 3.4 µl

Mikilvæg athugasemd: Leiðbeiningarnar hér að neðan eru byggðar á núverandi grunnrúmmáli. Til að tryggja nákvæmni skaltu mæla heildarrúmmál grunnefnis í rörlykjunni með pípettu áður en þú heldur áfram með uppsetningu.

Hver Illumina® raðgreiningartæki hefur mismunandi lokastyrk og heildarrúmmál svo vísað til skjalsins hér að neðan til að tryggja að viðeigandi magn af TELL-Seq™ Illumina® raðgreiningargrunni sé beint bætt við.

*Athugið: Index 1 og Index 2 ásamt Read 1 og Read 2 grunnur eru oft settir saman í hvarfefnishylkjabrunn. Gakktu úr skugga um að sérsniðinn grunnur endanlegur styrkur fyrir brunninn sé af hverjum grunni (td 0.3μM af vísitölu 1 og vísitölu 2 fyrir samtals 0.6 μM)
<https://knowledge.illumina.com/library-preparation/general/library-preparation-general-reference_material-list/000001542>
Hér að neðan eru

iSeq100
Vegna smíði iSeq100 hylkisins er ekki hægt að hlaða og nota sérsniðna grunna.

MiniSeq

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (6)

NextSeq

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (7)

MiSeq

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (8)

* Það er enginn möguleiki á sérsniðnum Index 2 (i5) grunni þar sem sniðmátið notar ágrædda P5 grunninn á yfirborði flæðisfrumunnar.

HiSeq 1000/2000 – 1500/2300 Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (9)

* Það er enginn möguleiki á sérsniðnum Index 2 (i5) grunni þar sem sniðmátið notar ágrædda P5 grunninn á yfirborði flæðisfrumunnar.

HiSeq 3000/4000

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (10)

NovaSeq v1.0 rekstrarvörur

Kit útgáfa Illumina grunnur (nafn) Staða skothylkis Samtals Bindi (mL) Sérsniðin grunnur endanleg einbeiting (µM)
 

SP

100/200/300/500 lotur

Lestu 1 (BP10) 24 4 0.3
Vísitala 1 (i7) (BP14)* 23 5 0.3
Lestu 2 (BP11) 13 2 0.3
 

S1 og S2 100/200/300 lotur

Lestu 1 (BP10) 24 4 0.3
Vísitala 1 (i7) (BP14)* 23 5 0.3
Lestu 2 (BP11) 13 2 0.3
 

S4

200/300 lotur

Lestu 1 (BP10) 24 7.3 0.3
Vísitala 1 (i7) (BP14)* 23 5 0.3
Lestu 2 (BP11) 13 3.5 0.3

* Það er enginn möguleiki á sérsniðnum Index 2 (i5) grunni þar sem sniðmátið notar ágrædda P5 grunninn á yfirborði flæðisfrumunnar.

NovaSeq v1.5 rekstrarvörur

Kit útgáfa Illumina Primer (nafn) Staða skothylkis Samtals Bindi (mL) Sérsniðin grunnur endanleg einbeiting (µM)
 

SP

100/200/300/500 lotur

Lesa 1 (VP10) 24 4 0.3
Vísitala 1 (i7) og Vísitala 2 (i5) (VP14) 23 5 0.3
Lesa 2 (VP11) 13 2 0.3
 

S1 og S2 100/200/300 lotur

Lesa 1 (VP10) 24 4 0.3
Vísitala 1 (i7) og Vísitala 2 (i5) (VP14) 23 5 0.3
Lesa 2 (VP11) 13 2 0.3
 

S4

200/300 lotur

Lesa 1 (VP10) 24 7.3 0.3
Vísitala 1 (i7) og Vísitala 2 (i5) (VP14) 23 5 0.3
Lesa 2 (VP11) 13 3.5 0.3

NovaSeq X/X Plus

Alhliða-röð-TELL-Seq-Library-01

Uppsetning TELL-Seq™ keyrslu á NextSeq™ 1000/2000 kerfi
NextSeq™ 1000/2000 hvarfefnishylkið hefur tvo sérsniðna brunna (1 og 2, báðir tómir) til að nota þegar safnið krefst að minnsta kosti einn sérsniðinn grunnur. Það styður allt að tvo sérsniðna grunna (laug) fyrir hvern sérsniðna brunn. Nauðsynlegt er að Read grunnurinn og Index grunnurinn séu í mismunandi brunnum.

Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (11)

TELL-Seq™ bókasöfn krefjast sérsniðinna grunna fyrir allar lestur (lestu 1, lestu 2, vísi 1 og vísir 2). Þegar aðeins TELL-Seq™ bókasöfn eru raðgreind í keyrslu

  • Sameina TELL-Seq™ lestur 1 og lestu 2 grunna: notaðu HT1 til að þynna hverja sérsniðna aflestra grunnblöndu til að gefa 600 µl við 0.3 µM lokastyrk, þ.e. 1.8 µl af 100 µM TELL-Seq™ lesinn 1 grunnur og 1.8 µl af 100. µM TELL-Seq™ las 2 grunninn í 597 µl HT1. Hladdu því í sérsniðna brunn 1.
  • Sameina TELL-Seq™ vísitölu 1 og vísitölu 2 grunna: notaðu HT1 til að þynna hverja sérsniðna vísitölu grunnblöndu til að gefa 600 µl við 0.6 µM lokastyrk, þ.e. 3.6 µl af 100 µM TELL-Seq™ vísitölu 1 af grunni 3.6. µM TELL-Seq™ index 100 grunnur í 2 µl HT593. Hladdu því í sérsniðna brunn 1.
  • Veldu réttan sérsniðna grunnbrunn þegar þú setur upp raðgreininguna sem hér segir:
    • Lestu 1: Sérsniðin 1
    • Vísitala 1: Sérsniðin 2
    • Vísitala 2: Sérsniðin 2
    • Lestu 2: Sérsniðin 1

Þegar PhiX bókasöfn eru notuð með TELL-Seq™ bókasöfnum til raðgreiningar í keyrslu

  • Fáðu NextSeq 1000/2000 Read Primer Kit (verslunarnúmer 20046117)
  • Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (13)Sameina TELL-Seq™ lestur 1 og lestu 2 grunna í HP21: Bættu hverri sérsniðnum aflestri grunnblöndu við 600 µl HP21 fyrir 0.3 µM lokastyrk, þ.e. 1.8 µl af 100 µM TELL-Seq™ lestur 1 grunni og 1.8 µl af 100 µl µM TELL-Seq™ las 2 grunninn í 597 µl HP21. Hladdu því í sérsniðna brunn 1.
  • Sameina TELL-Seq™ vísitölu 1 og vísitölu 2 grunna: notaðu HT1 til að þynna hverja sérsniðna vísitölu grunnblöndu til að gefa 600 µl við 0.6 µM lokastyrk, þ.e. 3.6 µl af 100 µM TELL-Seq™ vísitölu 1 af grunni 3.6. µM TELL-Seq™ index 100 grunnur í 2 µl HT593. Hladdu því í sérsniðna brunn 1.
  • Veldu rétta sérsniðna grunnbrunn þegar þú setur upp raðgreininguna sem hér segir:
    • Lestu 1: Sérsniðin 1
    • Vísitala 1: Sérsniðin 2
    • Vísitala 2: Sérsniðin 2
    • Lestu 2: Sérsniðin 1

Þegar tvöfaldur vísir Illumina bókasöfn eru raðgreind með TELL-Seq™ söfnum saman í keyrslu

  • Fáðu NextSeq 1000/2000 Read & Index Primer Kit (verslunarnúmer 20046115) Universal-Sequencing-TELL-Seq-Library- (12)
  • Sameina TELL-Seq™ lestur 1 og lestu 2 grunna í HP21: Bættu hverri sérsniðnum aflestri grunnblöndu við 600 µl HP21 fyrir 0.3 µM lokastyrk, þ.e. 1.8 µl af 100 µM TELL-Seq™ lestur 1 grunni og 1.8 µl af 100 µl µM TELL-Seq™ las 2 grunninn í 597 µl HP21. Hladdu því í sérsniðna brunn 1.
  • Sameina TELL-Seq™ vísitölu 1 og vísitölu 2 grunna í BP14: Bættu hverri sérsniðinni vísitölu grunnblöndu við 600 µl BP14 fyrir 0.6 µM lokastyrk, þ.e. 3.6 µl af 100 µM TELL-Seq™ vísitölu 1 grunni og 3.6 µl µM TELL-Seq™ index 100 grunnur í 2 µl BP593. Hladdu því í sérsniðna brunn 14.
  • Veldu rétta sérsniðna grunnbrunn þegar þú setur upp raðgreininguna sem hér segir:
    • Lestu 1: Sérsniðin 1
    • Vísitala 1: Sérsniðin 2
    • Vísitala 2: Sérsniðin 2
    • Lestu 2: Sérsniðin 1

Skjöl / auðlindir

Alhliða raðgreining TELL-Seq bókasafn [pdfNotendahandbók
TELL-Seq bókasafn, TELL-Seq, bókasafn

Heimildir

Skildu eftir athugasemd

Netfangið þitt verður ekki birt. Nauðsynlegir reitir eru merktir *